Hijo de Edmundo Pérez Zujovic y Lidia Yoma Amed. Su padre fue Ministro de Obras Públicas, Ministro de Interior y Vicepresidente de la Republica del gobierno de Eduardo Frei Montalva; fue víctima de un atentado terrorista de extrema izquierda, en 1971. El matrimonio Pérez Yoma tuvo nueve hijos, uno de ellos Edmundo Pérez Yoma, fue ministro de los gobiernos de Eduardo Frei Ruiz-Tagle y Michelle Bachelet Jeria. Francisco Pérez Yoma, estudio en el Saint George’s College y en la Universidad de Chile, donde se tituló como Ingeniero Civil. Es poseedor de inversiones en diferentes regiones de los Estados Unidos. Participa en los rubros hotelero, desarrollo inmobiliario de vivienda, renta inmobiliaria de oficinas y vivienda, y posee una operación agrícola ganadera.